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Λlisue's blog

つれづれなるままに更新されないブログ

Python で自己相関関数とかやる(途中・完成予定無し)

随分前に書こうと思って途中まで書いたけど面倒くさくなってやめたやつが下書きにあったからとりあえず公開。続きを書こうかと思ったけどびっくりするくらい覚えてないのでやめた。 どうも有末です。ご無沙汰しております。 研究関係でシグナルの自己相関関…

Jupyter (旧 IPython notebook)の本来あるべき姿を垣間見る

どうも、ご無沙汰しております Pythonista + Vimmer、略して Pythonimmer な有末です。 この記事は Python その2 Advent Calendar 2015 22 日目の記事となります。 Jupyter とは さて、皆様は Jupyter(旧 IPython notebook) というプロジェクトをご存知で…

Ubuntu 14.04 に Molecular Dynamics シミュレーション環境を構築したメモ

Ubuntu 14.04 に Molecular Dynamics シミュレーション環境を構築したメモ MD計算用サーバーに Ubuntu server 14.04 LTS をインストールした際の構築メモ。 事前に MegaRAID の WEB BIOS により 3 TiB の HDD 20台で RAID 6 を組んであり、Ubuntu server 14.…

PyMOLでOpenDX形式のファイルがちゃんと読めない(Amber 14のgist出力とか)のを何とかする

どうも、ご無沙汰しております有末です。今日は完全なる自分向け技術メモなので、かなり特異な人にしか役に立たないでしょう。 やりたいこと Amber 14で使えるgist(Grid inhomogeneous solvation theory)コマンドで出力されるOpenDX形式のファイルを読み込ん…

matplotlib を PyQt じゃなくて PySide で動かして PyQt 独特の面倒極まりないインストールから開放される

なんか pip install の --no-install とか --no-download オプションが DEPRECATED になったり PyPI から PyQt4 がダウンロードできなくなったり、いろいろ変化してますね。有末です。 どうもこないだの記事を書くときに行った環境整理で間違えて matplotlib…

グラフに使用する線の色とか決めるためのカラーピッカー作った

ρallet - A mathematical color pallet generator どうも、久しぶりに麻雀をやったらすごく楽しくて現実を忘れたくなっている有末です。 どうしても個人的に必要だったのでカラーピッカー作りました、もしかしたら同じような悩みを持った同志がいるかもしれ…

Pymolにて表面電荷を表示する(Debian Wheezy)

Enhanced Green Fluorescent Protein タンパク質の構造解析等を行なっているので簡単に表面電荷を表示したいことが多々あります。表面電荷計算は[APBS(Adaptive Poisson-Boltzmann Solver)][APBS]を使用すると計算でき、ビジュアライズはPymolのAPBS Plugin…

ひと目でわかる行列(Row ・ Column)の方向の覚え方

数学の行列、Excelで使う行・列とかプログラミングで使うRow・Columnの方向ってなかなか覚えられませんよね。 行・列に関しては以前どこかで「ひと目でわかる行・列の覚え方」的な画像を見たことがあったのですが、Row・Columnに関しては需要が少ないのか見…