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Λlisue's blog

つれづれなるままに更新されないブログ

Biology

Ubuntu 14.04 に Molecular Dynamics シミュレーション環境を構築したメモ

Ubuntu 14.04 に Molecular Dynamics シミュレーション環境を構築したメモ MD計算用サーバーに Ubuntu server 14.04 LTS をインストールした際の構築メモ。 事前に MegaRAID の WEB BIOS により 3 TiB の HDD 20台で RAID 6 を組んであり、Ubuntu server 14.…

PyMOLでOpenDX形式のファイルがちゃんと読めない(Amber 14のgist出力とか)のを何とかする

どうも、ご無沙汰しております有末です。今日は完全なる自分向け技術メモなので、かなり特異な人にしか役に立たないでしょう。 やりたいこと Amber 14で使えるgist(Grid inhomogeneous solvation theory)コマンドで出力されるOpenDX形式のファイルを読み込ん…

Pymolにて表面電荷を表示する(Debian Wheezy)

Enhanced Green Fluorescent Protein タンパク質の構造解析等を行なっているので簡単に表面電荷を表示したいことが多々あります。表面電荷計算は[APBS(Adaptive Poisson-Boltzmann Solver)][APBS]を使用すると計算でき、ビジュアライズはPymolのAPBS Plugin…