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Λlisue's blog

つれづれなるままに更新されないブログ

Linux

小指奮闘記 (Vimmer の Vimmer による Vimmer のためのキーマッピング)

どうも、サブタイトル通りご無沙汰しております有末です。 この記事は Vim Advent Calendar 2016 の 24 日目の記事となります。 小指の痛み Vim は Emacs など他のエディタとは違い、モード切り替えの概念があるため、修飾キーを押す機会は少なめです。 しか…

Ubuntu 14.04 に Molecular Dynamics シミュレーション環境を構築したメモ

Ubuntu 14.04 に Molecular Dynamics シミュレーション環境を構築したメモ MD計算用サーバーに Ubuntu server 14.04 LTS をインストールした際の構築メモ。 事前に MegaRAID の WEB BIOS により 3 TiB の HDD 20台で RAID 6 を組んであり、Ubuntu server 14.…

Ubuntu 15.04 (Gnome Shell) にて GVim の描画問題に悩まされた人へ朗報

どうも、とってもお久しぶりです有末です。 TL;DR $ sudo apt-get purge nvidia-304 $ sudo apt-get install nvidia-331 詳しい経緯と理由 以前よりGnome Shell を好んで利用しているのですが、いつ頃からか GVim の描画がまともにされない(ことがある)と…

PyMOLでOpenDX形式のファイルがちゃんと読めない(Amber 14のgist出力とか)のを何とかする

どうも、ご無沙汰しております有末です。今日は完全なる自分向け技術メモなので、かなり特異な人にしか役に立たないでしょう。 やりたいこと Amber 14で使えるgist(Grid inhomogeneous solvation theory)コマンドで出力されるOpenDX形式のファイルを読み込ん…

matplotlib を PyQt じゃなくて PySide で動かして PyQt 独特の面倒極まりないインストールから開放される

なんか pip install の --no-install とか --no-download オプションが DEPRECATED になったり PyPI から PyQt4 がダウンロードできなくなったり、いろいろ変化してますね。有末です。 どうもこないだの記事を書くときに行った環境整理で間違えて matplotlib…

え?君せっかく Python のバージョン管理に pyenv 使ってるのに Vim の補完はシステムライブラリ参照してるの?

どうも、ご無沙汰してます有末です。 Pythonistaなら[pyenv]だよねーってことで当初からバリバリ使わせていただいているのですが、最近[django]のプロジェクトを書く際に困ったのでまとめておきます。 具体的にはpyenvでPytho 3をインストールし、pyenv-virt…

コマンドの終了をメールで通知するソフト作った

notify どうも、こんなソフト作ってる場合じゃないけど気がついたら作ってた有末です。 コマンド終了時にメールを送る方法 実行時間の長いコマンドの終了をGrowlやメール通知するRubyスクリプト とか使えばいいのでしょうが、欲しいのと少し違ったので自前で…

Debian Wheezy 64bit をクリーンインストールしたメモ01

どうもAlisueです。扉絵は愛銃です。本記事には全く関係がありません。 ラボで使用しているパソコンがどうにも調子が悪いのでクリーンインストールをしました。 本記事では未来の自分のために実際になにを行ったかをメモとして残しておきます。分量が非常に…

freedesktop.org 規格のデスクトップファイルについてのメモ

どうも徹夜が続いているAlisueです。 今回は毎度忘れてしまうGNOME(もっと正確に言えば freedesktop.org 規格に順したデスクトップ環境) におけるデスクトップファイル(Desktop file)の情報をまとめたいと思います。 おもにDesktop Entry Specification …

CapsLockをCtrlにするまとめ

どうもCapsLockなんて爆発すればいいと思うAlisueです。 通常のキーボードではAの横という非常に押しやす位置にCapsLockという全く使用しないキーが配置されています。 非常にもったいないのでこのキーをCtrlとして使用することが多いのですが、方法がたくさ…

Pymolにて表面電荷を表示する(Debian Wheezy)

Enhanced Green Fluorescent Protein タンパク質の構造解析等を行なっているので簡単に表面電荷を表示したいことが多々あります。表面電荷計算は[APBS(Adaptive Poisson-Boltzmann Solver)][APBS]を使用すると計算でき、ビジュアライズはPymolのAPBS Plugin…

シェルスクリプトを書くときの頻出コードメモ

Linuxを使っているのでインストールや環境構築でシェルスクリプト (bash )をよく書きます。 シェルスクリプトだと様々な表現が可能なのですが、他言語と違い適当にかけないことが多々あるのでよくググる頻出コードをまとめておきます。

Debian wheezy (64 bit)に最新版のVimを入れたメモ

暗黒美夢王ことShougoさん作のneocomplcache続編にあたるneocompleteが早くなったらしく、すごく使いたかったのです。

プロキシ下でLinuxを使う際のメモ

どうもAlisueです。研究室は完全Proxy環境下のため、通常の方法ではダウンロード等ができない場合が多々あります。 再インストールなどを行った際に毎度Google先生と格闘しながら設定を行なっていたのですが、いい加減面倒くさくなったのでまとめます。

Vimを最強のPython開発環境にする2

本気でPythonをやりたいならあわせて読みたい「え?君せっかく Python のバージョン管理に pyenv 使ってるのに Vim の補完はシステムライブラリ参照してるの?」 2013-06-23 21:30 おしりに追記しました 2013-06-24 10:00 設定等微修正しました 2013-06-24 1…

Debian wheezy (64bit) に Gwyddion 2.3 をインストールしたメモ

とりあえずpacoいれます。make installしたものを管理するソフトです。 % sudo aptitude install paco つぎに必要なライブラリとか入れます。全機能解除バージョンがいいです。 % sudo aptitude install libgtk2.0-dev python-gtk2-dev libgtkglext1-dev lib…

Debian (wheezy) 64bit で Adobe Reader を使用

Debianに最初から入っているドキュメントビュワーで普段はことが足りるが、Adobe Readerについている冊子印刷など特殊な機能が欲しくなる場合がある。32bitの場合は簡単にインストールできるのだが64bitの場合少し面倒なので手順を書き留めておく。

CentOS 5.9にAmber 11をインストールしてMolecular DynamicsをGPU4個に並列計算させる

手順メモ。前提としてOSはCentOS 5.9 (64-bit)でIntel Compiler 11.1がすでにインストール済みだと仮定しておきます。なお、バージョンの確認方法は $ icc --version です。この記事では研究用サーバを構築することが目的なので基本的に全ユーザーが扱えるよ…