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Λlisue's blog

つれづれなるままに更新されないブログ

CUDA

Ubuntu 14.04 に Molecular Dynamics シミュレーション環境を構築したメモ

Ubuntu 14.04 に Molecular Dynamics シミュレーション環境を構築したメモ MD計算用サーバーに Ubuntu server 14.04 LTS をインストールした際の構築メモ。 事前に MegaRAID の WEB BIOS により 3 TiB の HDD 20台で RAID 6 を組んであり、Ubuntu server 14.…

CentOS 5.9にAmber 11をインストールしてMolecular DynamicsをGPU4個に並列計算させる

手順メモ。前提としてOSはCentOS 5.9 (64-bit)でIntel Compiler 11.1がすでにインストール済みだと仮定しておきます。なお、バージョンの確認方法は $ icc --version です。この記事では研究用サーバを構築することが目的なので基本的に全ユーザーが扱えるよ…