Λlisue's blog

つれづれなるままに更新されないブログ

Python で自己相関関数とかやる(途中・完成予定無し)

随分前に書こうと思って途中まで書いたけど面倒くさくなってやめたやつが下書きにあったからとりあえず公開。続きを書こうかと思ったけどびっくりするくらい覚えてないのでやめた。 どうも有末です。ご無沙汰しております。 研究関係でシグナルの自己相関関…

小指奮闘記 (Vimmer の Vimmer による Vimmer のためのキーマッピング)

どうも、サブタイトル通りご無沙汰しております有末です。 この記事は Vim Advent Calendar 2016 の 24 日目の記事となります。 小指の痛み Vim は Emacs など他のエディタとは違い、モード切り替えの概念があるため、修飾キーを押す機会は少なめです。 しか…

メモ:連番ファイルのリネーム

少しご無沙汰しております。有末です。 超便利な rename コマンドというのがありますが、これで指定しているの Perl の正規表現だったんですね。 なので e 指定して Perl の式として評価させてあげると連番ファイルの数値を計算しながらリネームできます(Ce…

あんまり見かけない気がする Vim の Tips 11 + 1 選

どうも、ご無沙汰しておりません Vimmer + Pythonista、 略して Vist... やめよう、こっちは縁起が悪い。 この記事は Vim Advent Calendar 2015 の 24日目の記事となります。 はじめに 自分が Mac OS X および Linux しか持っていないため、Windows で動かな…

Jupyter (旧 IPython notebook)の本来あるべき姿を垣間見る

どうも、ご無沙汰しております Pythonista + Vimmer、略して Pythonimmer な有末です。 この記事は Python その2 Advent Calendar 2015 22 日目の記事となります。 Jupyter とは さて、皆様は Jupyter(旧 IPython notebook) というプロジェクトをご存知で…

VimConf 2015 で「ぼくのかんがえたさいきょうのぷらぐいん」を紹介してきました

どうも、ブログタイトル通りご無沙汰しております有末です。 本日は 2015/11/21 に東京の mixi 本社で行われた VimConf 2015 で「ぼくのかんがえたさいきょうのぷらぐいん」とか「Change the world」とか諸説あるタイトルにて発表を行わせていただいたので、…

Ubuntu 14.04 に Molecular Dynamics シミュレーション環境を構築したメモ

Ubuntu 14.04 に Molecular Dynamics シミュレーション環境を構築したメモ MD計算用サーバーに Ubuntu server 14.04 LTS をインストールした際の構築メモ。 事前に MegaRAID の WEB BIOS により 3 TiB の HDD 20台で RAID 6 を組んであり、Ubuntu server 14.…

Ubuntu 15.04 (Gnome Shell) にて GVim の描画問題に悩まされた人へ朗報

どうも、とってもお久しぶりです有末です。 TL;DR $ sudo apt-get purge nvidia-304 $ sudo apt-get install nvidia-331 詳しい経緯と理由 以前よりGnome Shell を好んで利用しているのですが、いつ頃からか GVim の描画がまともにされない(ことがある)と…

Uniteでもvimfilerの一括リネーム(exrename)をできるようにするプラグイン作った

追記 2014/12/23 本体に取り込まれました Add 'exrename' action to 'file_base' kind by lambdalisue · Pull Request #808 · Shougo/unite.vim Add 'exrename' action to 'file_base' kind by lambdalisue · Pull Request #808 · Shougo/unite.vim · GitHub…

PyMOLでOpenDX形式のファイルがちゃんと読めない(Amber 14のgist出力とか)のを何とかする

どうも、ご無沙汰しております有末です。今日は完全なる自分向け技術メモなので、かなり特異な人にしか役に立たないでしょう。 やりたいこと Amber 14で使えるgist(Grid inhomogeneous solvation theory)コマンドで出力されるOpenDX形式のファイルを読み込ん…

Unite で git grep や hg grep を使うためのプラグインを作った

ご無沙汰しております有末です。みなさん grep してますか? 最近お仕事で超巨大なレポジトリの海の中を彷徨うことが多々あるのでgit grepを多用していました(通常のgrepやptでは遅すぎるので)。そこで、この作業をVimで行いたいという自然な欲求が生まれ…

Vital.vim用の高機能なオプションパーサーを作った

どうも、有末です。今回はVimscriptを書いてプラグインを作っているようなお変態な方にしか興味が持たれないであろう記事です。 vim-gistaの製作時にどうしてもオプションパーサーが必要だったのですが、vital.vim既存のvital-OptionParserでは少し機能不足…

Vim初心者でもオレオレUniteソースを一瞬で作ってウハウハを味わえるプラグインを作った(定型文参照・挿入用Uniteプラグイン)

どうも、珍しく全然ご無沙汰しておりません有末です。 本日も作ったVimプラグインの紹介記事です。 例えばブログ記事を書く際に多用する特定のURLリンクやPyPIのClassifiersのように覚えられなくて参照したり入力したりするのが面倒なものって世の中にあふれ…

vim-gistaで訪れる世界で最も快適なGist環境 in Vim

追記 Lingrで切磋琢磨され、Unite関連の機能が大幅に向上しました(https://github.com/lambdalisue/vim-gista/issues?page=1&state=closed) どうも、ご無沙汰しております有末です。本日はvim-gistaというちょこちょこ作っていたプラグインのお披露目会を…

matplotlib を PyQt じゃなくて PySide で動かして PyQt 独特の面倒極まりないインストールから開放される

なんか pip install の --no-install とか --no-download オプションが DEPRECATED になったり PyPI から PyQt4 がダウンロードできなくなったり、いろいろ変化してますね。有末です。 どうもこないだの記事を書くときに行った環境整理で間違えて matplotlib…

え?君せっかく Python のバージョン管理に pyenv 使ってるのに Vim の補完はシステムライブラリ参照してるの?

どうも、ご無沙汰してます有末です。 Pythonistaなら[pyenv]だよねーってことで当初からバリバリ使わせていただいているのですが、最近[django]のプロジェクトを書く際に困ったのでまとめておきます。 具体的にはpyenvでPytho 3をインストールし、pyenv-virt…

コマンドの終了をメールで通知するソフト作った

notify どうも、こんなソフト作ってる場合じゃないけど気がついたら作ってた有末です。 コマンド終了時にメールを送る方法 実行時間の長いコマンドの終了をGrowlやメール通知するRubyスクリプト とか使えばいいのでしょうが、欲しいのと少し違ったので自前で…

グラフに使用する線の色とか決めるためのカラーピッカー作った

ρallet - A mathematical color pallet generator どうも、久しぶりに麻雀をやったらすごく楽しくて現実を忘れたくなっている有末です。 どうしても個人的に必要だったのでカラーピッカー作りました、もしかしたら同じような悩みを持った同志がいるかもしれ…

初心者がモチベーション上げながらプログラミングをしてシューティング(っぽい)ゲームを1本作る!

KawazAdventCalendar - Github 紹介ページ(動作サンプルあり) はじめに この記事はKawaz Advent Calendar 2014 のクリスマスの記事として書かれました。 この記事は「初心者がモチベーション上げながらプログラミングをしてシューティング(っぽい)ゲーム…

ゲームのフラグ管理はビット演算で効率かつ簡単に管理する

どうも更新をサボりまくりの有末です。 本日はゲームなどのフラグ管理に使えるビット演算について書きたいと思います。

google-drive-ocamlfuseを使ってDebian wheezy 64bitにGoogle Driveをマウントするメモ

どうもクラウド大好きAlisueです。 オフィス関係のデータ共有にはGoogle Driveが便利で好んで使用しているのですが、なにぶんLinuxではDropboxのようにファイラーから見れないのが面倒で仕方ありませんでした(Windows, Mac OS Xは見れるはず)。 いろいろ探…

Debian Wheezy 64bit をクリーンインストールしたメモ01

どうもAlisueです。扉絵は愛銃です。本記事には全く関係がありません。 ラボで使用しているパソコンがどうにも調子が悪いのでクリーンインストールをしました。 本記事では未来の自分のために実際になにを行ったかをメモとして残しておきます。分量が非常に…

freedesktop.org 規格のデスクトップファイルについてのメモ

どうも徹夜が続いているAlisueです。 今回は毎度忘れてしまうGNOME(もっと正確に言えば freedesktop.org 規格に順したデスクトップ環境) におけるデスクトップファイル(Desktop file)の情報をまとめたいと思います。 おもにDesktop Entry Specification …

CapsLockをCtrlにするまとめ

どうもCapsLockなんて爆発すればいいと思うAlisueです。 通常のキーボードではAの横という非常に押しやす位置にCapsLockという全く使用しないキーが配置されています。 非常にもったいないのでこのキーをCtrlとして使用することが多いのですが、方法がたくさ…

自前ビルドしたVimをvisudoなどのデフォルトエディタに使用する

コマンド構文などを忘れそうなのでメモ。 経緯 ターミナルにてsudo gvim などをすると「ディスプレイをオープンできません(cannot open display)」と怒られる DISPLAYとかの設定が引き継がれてないんだなーとか思いググるとやっぱりそんな感じ(めも - sud…

Pythonを使用したデータ解析入門01

どうも、ブログのサブタイトル通り更新をサボっていた有末です。 僕は生物学を専攻している関係上Pythonは主に研究データの解析に使用しています。本記事では懐石に関して今まで試行錯誤して得てきたノウハウを共有したいと思います。主に生データのグラフ化…

Pymolにて表面電荷を表示する(Debian Wheezy)

Enhanced Green Fluorescent Protein タンパク質の構造解析等を行なっているので簡単に表面電荷を表示したいことが多々あります。表面電荷計算は[APBS(Adaptive Poisson-Boltzmann Solver)][APBS]を使用すると計算でき、ビジュアライズはPymolのAPBS Plugin…

どんぐりの背比べ(混合ガウスモデルによるクラスタリング)

図のようにヒストグラムおよび混合ガウスモデルを描画するコードをペタリしておきます。

ひと目でわかる行列(Row ・ Column)の方向の覚え方

数学の行列、Excelで使う行・列とかプログラミングで使うRow・Columnの方向ってなかなか覚えられませんよね。 行・列に関しては以前どこかで「ひと目でわかる行・列の覚え方」的な画像を見たことがあったのですが、Row・Columnに関しては需要が少ないのか見…

シェルスクリプトを書くときの頻出コードメモ

Linuxを使っているのでインストールや環境構築でシェルスクリプト (bash )をよく書きます。 シェルスクリプトだと様々な表現が可能なのですが、他言語と違い適当にかけないことが多々あるのでよくググる頻出コードをまとめておきます。

Debian wheezy (64 bit)に最新版のVimを入れたメモ

暗黒美夢王ことShougoさん作のneocomplcache続編にあたるneocompleteが早くなったらしく、すごく使いたかったのです。

プロキシ下でLinuxを使う際のメモ

どうもAlisueです。研究室は完全Proxy環境下のため、通常の方法ではダウンロード等ができない場合が多々あります。 再インストールなどを行った際に毎度Google先生と格闘しながら設定を行なっていたのですが、いい加減面倒くさくなったのでまとめます。

Vimを最強のPython開発環境にする2

本気でPythonをやりたいならあわせて読みたい「え?君せっかく Python のバージョン管理に pyenv 使ってるのに Vim の補完はシステムライブラリ参照してるの?」 2013-06-23 21:30 おしりに追記しました 2013-06-24 10:00 設定等微修正しました 2013-06-24 1…

Debian wheezy (64bit) に Gwyddion 2.3 をインストールしたメモ

とりあえずpacoいれます。make installしたものを管理するソフトです。 % sudo aptitude install paco つぎに必要なライブラリとか入れます。全機能解除バージョンがいいです。 % sudo aptitude install libgtk2.0-dev python-gtk2-dev libgtkglext1-dev lib…

Debian (wheezy) 64bit で Adobe Reader を使用

Debianに最初から入っているドキュメントビュワーで普段はことが足りるが、Adobe Readerについている冊子印刷など特殊な機能が欲しくなる場合がある。32bitの場合は簡単にインストールできるのだが64bitの場合少し面倒なので手順を書き留めておく。

CentOS 5.9にAmber 11をインストールしてMolecular DynamicsをGPU4個に並列計算させる

手順メモ。前提としてOSはCentOS 5.9 (64-bit)でIntel Compiler 11.1がすでにインストール済みだと仮定しておきます。なお、バージョンの確認方法は $ icc --version です。この記事では研究用サーバを構築することが目的なので基本的に全ユーザーが扱えるよ…

CoffeeScriptをまじめにかんがえてみる01

こんにちわ、有末です。某ゲーム製作者コミュニティの元幹部で、サイトの開発の指揮とったりしていました。そのKawazの現代表であるgiginet君にステマされたのではてブロを書くことにしました(笑。 最初の記事として、僕の大好きな言語CoffeeScriptについて…